پوشش گیاهی طبیعی، آب‌وخاک سه رکن اصلی محیط‌زیست، منابع پایه طبیعی تولیدات کشاورزی و دستیابی به امنیت غذا درگرو حفظ و بهره برداری پایدار از آنها می‌باشند. باوجود این اهمیت به دلیل نیاز روزافزون بشر به تولید مواد غذایی، پیامدهای توسعه صنعتی و گسترش شهرها از یک طرف و شرایط اقلیمی و طبیعی غیرقابل‌کنترل از طرف دیگر این منابع را در تهدید جدی قرار داده است. از طرف دیگر برهمکنش این‌ها در شرایط متفاوت حوزههای آبخیز موضوعی اساسی بوده و برآیند این مسائل امروزه چالش‌های متعددی را ایجاد نموده است که بدون توجه بدانها امکان بهرهبرداری از این منابع میسر نخواهد شد.
لذا زیربرنامۀ منابع طبیعی و آب‌وخاک با سه هدف اصلی شامل تعیین راهبردهای اصلی توسعه علم و فناوری حوزههای آب، خاک، پوشش گیاهی و مدیریت آبخیز و اولویتبندی آنها، تعیین اولویت‌های علم و فناوری در مدیریت پایدار منابع طبیعی و آبخیزها و دستیابی به برنامه مناسب تولید علم و فناوری موردنیاز در حوزۀ آبخیزداری و منابع طبیعی در شش محور زیر که از بالادست حوزه تا دشت را در بر می گیرد تبیین گردید:
- شناسایی و بهرهبرداری پایدار از منابع خاک کشور،
توسعه و بهبود روش‌های افزایش کرین آلی خاک
شورورزی
- شناخت و پایش عوامل مؤثر بر تخریب و حفاظت خاک،
مدیریت فرسایش خاک
پایش منابع تولید ریزگرد و راهکارهای مهار آن در کشور
- مدیریت استفاده بهینه و پایدار از منابع آب درمقیاس مزرعه
ارتقاء بهره‌وری آب
- استفاده پایدار از آب در مقیاس حوضه،
- مدیریت پایدار پوشش گیاهی
شناخت و پایش کمی و کیفی جنگل، مرتع و بیابان
مدیریت اکوسیستم های مرتعی
احیا و توسعه جنگل، جنگلکاری و زراعت چوب
- مدیریت یکپارچه حوزههای آبخیز
مدیریت یکپارچه حوزه آبخیز
مدیریت جامع خشکسالی در بخش کشاورزی